与此同时，英军“威里士厘”号、“伯兰汉”号、“西索斯梯斯”号和“皇后”号等舰亦向厦门港口等处发起进攻。中国守军奋力还击，多次击退登陆之敌。下午，英军在厦门南普陀附近登陆。当晚，颜伯焘率军退守石寨，不久复退入同安。26日晨，英军入城，厦门失陷。
厦门之战，中国守军将士对英国侵略军进行了英勇悲壮的抗击。与敌激战中，副将凌志舍生忘死，身受重伤，犹奋勇杀敌，最后陷入敌阵，剖腹殉国。金门镇总兵江继芸投海自杀。都司王世俊，把总纪国庆、杨肇基、季启明等先后阵亡，400余名兵丁亦为国捐躯。虽然厦门的防御工事在英军来犯之前得到加强，但由于清廷朝野上下蒙混，广东方面奕山在英舰大举启航北犯时尚不据实奏报知会，致使厦门方面对敌情缺乏了解。当敌来犯之际，闽省水师统帅居然滞在外洋，使防御兵力受到削弱。而闽督颜伯焘虽有抗敌之志，亲自督战，但其缺乏克敌之略，自大轻敌，只知一味与敌硬拼。当英军突破厦门防线后，颜伯焘更不能组织有效还击，反而如惊弓之鸟，连夜弃城而逃，贻误战机，终致厦门被陷。