在三个月皮肤科工作中，弗洛伊德还同时担任了耳鼻咽喉科的诊疗工作。他第一次感到自己笨手笨脚，实际操作医疗设备的能力较差。
1884年1月起到1885年2月止，弗洛伊德在神经科工作了14个月。这个科为第4科，是疑难病症集中的地方，特别是综合医院中心难以处理的各种精神病患者的场所。因经费是由奥地利区和维也纳市政府共同维持的，故必须接受全市和郊区各村任何一个想要入院治疗的人。弗兰茨·舒尔兹（Scholz）博士是科主任。该科有5个病区，113张病床。患者多，病种杂，经费少，比弗洛伊德大6岁的一等助理医师约瑟夫·波拉克（Joseph Pollock）说：“只要你的治疗方法不费钱，主任舒尔兹就会放手让你干。”不管怎么说，弗洛伊德进了神经科，他十分高兴。他的朋友布洛伊尔认为，只有在这个科里他会有最大的机会。但这毕竟是一个急转弯，这个科条件比较差，不但没有教学、讲座、示范，甚至连实验室都没有。但弗洛伊德却认认真真地工作。每天早晨起得很早，9时半之前查完房，10时去梅纳特实验室从事研究。午饭后，他再一次查房，到5时结束。然后边吃饭边看书学习。晚饭后又去梅纳特实验室，一直工作至深夜。7月，弗洛伊德被任命为神经科的医长，他要负责一百多名病人，管理十个护士、两位副医师和一位助理医师（或称实习医师）。在此期间，参与或单独治疗过面部麻痹、败血症、脑出血、肢端巨大症、中风、癔症等病症，特别是用蒸馏水、糖丸等暗示疗法治好过癔症性截瘫患者，这一切使弗洛伊德学会了治疗神经系统疾病的基本知识和方法，为他后来独立开设私人诊所打下了必要的基础。