谭善和还参与了特种工程建设、指挥防护工程建设、设防工程施工、全军工程兵大比武、选派工程兵部队抗美援越等项工作的组织与实施。由于常年在基层、工地、训练场奔波，配给他的专车在一年内竟跑坏了两台。叶剑英元帅后来得知了这个情况，赞扬说：我们需要的正是这样一年跑坏两台车的干部!
1966年3月，谭善和被提升为军委工程兵副司令员。9月，中国军事代表团访问阿尔巴尼亚，由许光达任团长，谭善和任副团长。代表团在阿尔巴尼亚与阿人民军进行了友好交流。
回国不久，谭善和就在“文化大革命”中横遭林彪、“四人帮”的迫害，先是因“推行贺(龙)罗(瑞卿)资产阶级军事路线”、“单纯军事观点”、“用业务冲击政治”等罪名被批判、斗争、隔离审查，后被逐到河南某部队农场“劳动改造”，在战士监督下放牛。所幸他幼年在家乡放过牛，几十年后重操旧业并不感到生疏。他放的牛膘肥体壮，得到战士们的好评。
直到1971年林彪反党集团被粉碎后，谭善和才获得“解放”。1972年他获准回到北京，首先去看望的就是被迫害致死的老首长贺龙元帅的夫人薛明。