顾祝同在黄埔被列为“八大金刚”之一。作为战术教官，他讲课举实例以明原则，深入浅出，发挥引申，深得学生喜爱。后来隶属于顾祝同部下的黄埔学生均仰慕其教学的从容态度，加之顾本人为人宽厚笃信，深得学生尊重，直至晚年，黄埔学生中不少有过将军、司令、军长、部长、主席经历的人，无不对顾祝同“墨师”长“墨师”短地尊称之（顾祝同字“墨三”）。广州商团叛乱平定以后，黄埔军校先后编组成立了两个教导团，顾祝同被蒋介石任命为教导团第二团第一营营长，该团团长是教授部主任王柏龄少将，而第一团团长则为何应钦。1925年2月，顾祝同随从教导团参加第一次东征，其间，顾祝同的第一营严守军纪，对百姓秋毫无犯，受到民众的拥戴。攻打淡水城一战中，团长王柏龄临阵退缩，顾祝同率领第一营与陈炯明部叛军展开血战，终于协助第一团攻下淡水城。
棉湖之战，由于第二团行动缓慢，未能按部署及时赶往敌人侧背攻击，致使第一团腹背受敌，孤军作战。由于第一团与陈炯明的右路军林虎部兵力相差悬殊，战斗打得异常激烈，情况万分危急。好在第二团终于赶到，协助教导一团大败陈炯明的主力林虎部的三个师。其间，顾祝同的第一营作战英勇，表现突出，棉湖之战结束，顾祝同升为第二团参谋长。第二次东征凯旋后，顾祝同先任第二团中校团副，旋又升第三师上校参谋长，接着又晋升为第三师少将副师长。