因川中的争阋，又引起滇黔的事变。九年，吕超等的攻熊克武，系与滇黔军相结。及川军反攻后，滇军顾品珍等，退回云南。十年二月初七日，顾军到云南离省百里的地方。初八日，唐继尧出走。初九日，顾入城。自称滇军总司令。唐继尧旋走到香港。十二月，唐由香港，经广东到柳州，带领在桂滇军回滇。顾品珍出兵拒战，兵败被杀。十一年三月二十四日，唐继尧入云南省城。
其黔军在川的总司令卢焘，亦于九年十月，退回贵州。十一月初十日，贵阳兵变。十三日，刘显世通电：“在川黔军，已悉数撤回；责成卢焘节制整理，即日退休。”（刘显世旋走云南，就政务总裁职。后随唐继尧离滇。）二十二日，卢焘通电：代刘显世为总司令，与西南一致，实行军民分治。师长袁祖铭走湖北，因王占元的援助，在湖北组织定黔军。后来又到广东。假道湘西回黔。于十一年五月初九入贵阳。八月十二日，被举为省长。
而四川一二两军，亦于十一年七月间，又发生冲突。先是刘湘于十年援鄂之后，以第九师长杨森为第二军军长。十年四月间，川中各军，在成都组织联合办事处，拟于五月十六日，宣布成立。十四日，刘湘辞省长职。其议遂暂缓。七月十九日，二军攻一军。于是其余诸军，在成都开军事会议，公推刘成勋为川军总司令，组织联军。以但懋辛为前敌总指挥，邓锡侯为北路总指挥。八月初八日，攻入重庆。二军军官，先于初二日公举刘湘为靖卫军总司令，以辖二军。杨森则逃到宜昌。旋由各军公举刘成勋兼权民政，召开军事及民政善后会议。