国民党与段政府之间的分歧，实际各有其利益考量。对段氏而言，他此时的身份只是“临时执政”而非正式总统。他在就职通电中虽申言“（善后）会议完成之日，即祺瑞卸责之时”，其实际思虑则是如何名正言顺地登上总统宝座。国民党方面，虽内部意见不一，但亦有不少人期望孙中山北上“握大政权”。孙中山本人则表示说：“其实我并没有想到握大政权，就是他们要我办，我也是不能答应的。”但这并不表明孙中山完全没有出任总统的意图。他即使淡泊个人名利，也不能不为国民党的利益及革命前途着想。不过孙中山十分清楚，此时“国民党力量尚未足”，在这种情况下，如何在未来全国性政权上为国民党争得先机，不能不讲求政治谋略。国民党自改组以来，在联俄容共的推动下，注重民众宣传和民众动员工作，党的组织细胞开始渗透到一些民众团体中。如果国民会议代表以民众团体代表为主，国民党必然占据优势。而段祺瑞显然也看到了这一点。当时社会舆论亦有如下揣测：